凍干藥液配制通常有3個基本步驟，即原輔料稱量、液體溶解配制、過濾除菌除雜質。

1、加料溶解攪拌均勻。先按照藥品處方要求，注入定量的注射用水至濃配罐內，然后將藥物的活性成分和輔料，按處方稱量后加入濃配罐內，在規定的溫度條件下攪拌溶解均勻。這個過程中，通常還會加入適量的活性炭，攪拌均勻后靜置一段時間。

2、過濾。使用衛生級潔凈輸送泵或壓縮空氣將濃配后的液體，壓濾通過雜質過濾器（通常用鈦質的過濾器），經過脫炭處理后的濾液進入稀配罐內進行定量配制，并進行含量、pH、雜質等半成品控制參數的檢測。

3、藥液轉移分裝。達到藥品的最終質量要求的液體通過潔凈衛生泵或壓縮空氣將其過濾至分裝設備進行分裝，或由處于無菌操作區域內的無菌藥液接受容器暫存待分裝。